История Пироговской набережной в Петербурге началась с 17 декабря 1898 года, именно тогда она была выделена из Арсенальной набережной Петербурга. Ее протяженность составляет около 2 км.
Располагается набережная в Выборгском районе Санкт-Петербурга, на правом берегу Большой Невы и Большой Невки, на участке от Литейного до Гренадерского моста, посреди Арсенальной и Выборгской набережных.
Ранее набережная была поделена на на два участка. Один участок входил в состав Арсенальной набережной, а участок у Сампсониевского моста назывался Сампсониевской набережной.
В то время Пироговская набережная простиралась только вдоль здания академии, на участке от Большого Сампсониевского проспекта до Литейного моста, но уже тогда она настолько покорила гостей города своей простотой и изяществом, что одними из наиболее популярных почтовых открыток в то время стали экземпляры с надписью «Россия. Санкт-Петербург. Пироговская набережная».
До конца XIX века берега набережной были укреплены деревом, и только при строительстве Литейного моста по проекту инженера А.Е. Струве был сооружен небольшой участок гранитной стенки с лестничными спусками. В 1898 году набережную стали именовать в честь выдающегося русского хирурга и анатома, основоположника военно-полевой хирургии Н. И. Пирогова.
Между Большим Сампсониевским и Финляндским проспектами находился музей Н. И. Пирогова, который также входил в состав набережной. К сожалению, в 1950-х музей был снесен для постройки гостиницы «Ленинград».
В 1923 году набережной присваивают имя Фокина, организатора молодежного движения Выборгской стороны, под этим именем ее и знают практически до конца советской эпохи.
В 1928-1931 годах по проекту инженеров Б. Д. Васильева, Е. В. Тумиловича и архитекторов В. Л. Витмана и М. А. Орлова на набережной была сооружена стенка, облицованная диабазовой шашкой с лестничным спуском к воде. В 1960 году по проекту инженеров А. Д. Гутцайта, Г. И. Смысловского и архитектора Л. А. Носкова была возведена высокая гранитная стенка у моста Свободы (Сампсониевского). В 1967 году стенку набережной у Литейного моста реконструировали.
28 мая 1979 года ее включают в состав Выборгской набережной, однако через 10 лет, 22 сентября 1989 года, она снова стала самостоятельной и даже значительно расширилась – в ее состав вошел участок от Финляндского до Малого Сампсониевского проспекта.
Однако, расположенные на Пироговской набережной, между Малым Сампсониевским проспектом и улицей Фокина, дома № 25 и 27, до сих пор сохраняют нумерацию Выборгской набережной. Тогда к ней был присоединен участок от Финляндского проспекта до Малого Сампсониевского.
В связи с увеличением трафика на Пироговской набережной, власти города принимают решение реконструировать ее. Согласно разработанному еще в 2009 году проекту здесь планировалось возвести путепровод тоннельного типа с рамповыми участками, который будет оборудован 3-мя подходами, обеспечивающими движение по 3 полосам в сторону Литейного моста и по 2-м – в сторону Гренадерского моста.
Таким образом 27 мая 2013 года в створе набережной на пересечении с Финляндским проспектом (въезд на Сампсониевский мост) был открыт тоннель, развязавший потоки двух напряжённых магистралей.