История появления Церкви Петра и Павла на Выборгской стороне — это рассказ об одном из старейших сооружений Северной столицы.
Располагается она в Санкт-Петербурге на улице Академика Лебедева, 6В, при Военно-медицинской академии.
Здание храма было возведено по проекту военного инженера Генриха Станиславовича Войницкого. Годы постройки — 1863-1865 гг.
Церковь Петра и Павла при Клиническом военном госпитале относится к домовых храмам военного ведомства.
Впервые он был открыт по месту нахождения госпиталя 30 (19) октября 1755 года.
Стоит отметить, на Выборгской стороне были заложены для оказания медицинской помощи «служивым людям»: в 1715 году — Адмиралтейский госпиталь, а позднее Сухопутный госпиталь и еще один Адмиралтейский госпиталь, расположенный в Кронштадте.
При каждом из этих госпиталей создаются домовые храмы, окормляющие духовные потребности пациентов и персонала лечебных заведений, а также, при необходимости, осуществляющие отпевание тех, помочь кому врачи оказались бессильны.
Таким образом, по указу Петра I были открыты госпитали. Для них Доменико Трезини возвёл на берегу Невы к 1724-1726 годам двухэтажные каменные корпуса длиной в 300 метров.
Между корпусами зодчий задумал большую церковь «о двух колокольнях», заложенную 18 октября 1734 года в честь «исцеления расслабленного».
Её постройкой руководил М.Г. Земцов, который, возведя здание до архитрава и потратив 15 тысяч рублей, вынужден был в 1739 году остановить работы из-за нехватки средств.
Семь лет спустя П.А. Трезини поручили удешевить и переделать первоначальный проект, переориентировав алтарь на восток, сделав пятиглавое завершение и входы с улицы.
Из-за отсутствия денег не удалось осуществить и этот проект, поэтому до конца XVIII века церковь стояла недостроенной.
В 1771 году было решено отказаться от прежнего замысла. Позже недостроенное церковное помещение приспособили под аудитории.
Сухопутный госпиталь все это время, однако, не был лишен храма, с 1722 года действовал «храм полковой в мазанках».
В 1723 году, уже в каменном корпусе, была поставлена конфискованная у барона П.П. Шафирова домовая церковь апостолов Петра и Павла, которая просуществовала три десятилетия.
В 1750 году начата была постройка корпуса вдоль будущего Сампсониевского проспекта.
В нем на втором этаже 19 октября 1755 года освятили домовой Храм с новым иконостасом, а прежний передали кн. Н.Ю. Трубецкому. По-новому домовый Храм был оформлен в 1818 году, после чего 18 августа последовало его освящение митрополитом Михаилом.
Когда в 1838 году Морской госпиталь переехал на Фонтанку, храм Сухопутного госпиталя перешел под управление Военно-медицинской академии.
С 1863 по 1869 год была проведена (по проекту Г.С. Войницкого) перестройка всего «петровского комплекса».
Госпитальную церковь тоже переделали: она стала двусветной и получила другой иконостас. 3 января 1865 года было произведено новое ее освящение.
В 1892-1893 годах по проекту П.И. Балинского была выстроена в русско-византийском стиле каменная часовня для отпеваний, лепку в которой исполнил Д.И. Иенсен. В церкви хранилась двусторонняя икона с мощами преподобного Сергия Радонежского и четыре серебряные лампады — подарок Екатерины II. Престол украшала серебряная одежда, сделанная в начале XVIII века.
Последним перед революцией священником был протоиерей Владимир Константинович Воскресенский. При нем в 1922 году храм закрыли.
30 октября 2015 года, после благодарственного молебена по случаю 260-летия освящения первого храма академии в честь апостолов Петра и Павла, сообщено о решении командования предоставить помещение бывшего храма апостолов Петра и Павла для совершения богослужений.
С 2015 года начались восстановительные работы и возобновились богослужения. Настоятелем назначен иеромонах Виталий (Морозов).